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Alerte sur un nouveau sous type de virus de la grippe

Un nouveau variant de grippe, le H1avN2, est arrivé en France dans le courant de l’année de 2019 et depuis, a progressivement remplacé les trois variants « classiques ». Les vaccins actuels ne protègent pas contre ce nouveau sous-type, qui est susceptible de provoquer des problèmes de fertilité et des avortements associés ou non à des troubles respiratoires sur truies et/ou porcs charcutiers. Ce nouveau variant se retrouve en majorité sur les analyses effectuées aujourd’hui.

Apparition et diffusion de la souche en France.

Les points clés (source Bulletin Épidémiologique Anses):

–          Classiquement en France jusqu’à fin 2018 : 3 sous-types principaux H1avN1, H1huN2, H1N1pdm.

–          Découverte dans un élevage breton fin 2018 d’un variant H1avN2.

–          Ce n’est pas un recombinant (nouveau virus), mais une souche connue d’origine Danoise.

–          Épidémie de cette souche au Danemark en 2007.

–          L’épidémie progresse en 2019 avec un virage en 2020, avec 60% des souches grippales identifiées H1avN2 au deuxième trimestre 2021.

Pour en savoir plus :

Les virus Influenza, ou virus de la grippe, sont des Orthomyxoviridae enveloppés à ARN.

Source : http://www.grippe-geig.com/le-virus.html

 Au-delà des termes savants, ceci nous indique que :

  • Leur matériel génétique à base d’ARN rend les mutations et les glissements génétiques plus fréquents que sur les virus à ADN, généralement plus stables.
  • Leur matériel génétique est protégé par une enveloppe lipidique (comme une cellule animale), ce qui n’est pas le cas de tous les virus. Ces virus enveloppés sont de manière générale plus fragiles dans l’environnement que les virus nus (sans enveloppe).

Les virus grippaux d’intérêt en médecine humaine et vétérinaire sont classés (de manière simplifiée) en sous-type en fonction de deux protéines plantés dans l’enveloppe lipidique : Hémagglutinine (noté H) et Neuraminidase (noté N).

Ainsi un virus de la grippe sera HxNx en fonction des protéines se trouvant sur sa capside.

Il est possible d’aller plus loin dans la classification en retrouvant de quelle lignée vient cette protéine : aviaire (av), humaine (hu) ou pandémique (pdm).

Par exemple, le virus H1avN2 est différent de H1huN2, car son hémagglutinine n’a pas la même origine.

Ceci a son importance car les protections croisées sont rares avec les virus de la grippe, alors que les mutations ne le sont pas. Les résistances croisées apparaissent quand un individu est protégé contre plusieurs sous-types de virus grippal suite à l’infection ou la vaccination par un seul sous-type.

Enfin, il est à noter que le porc est un animal particulier vis-à-vis de la grippe car il peut être infecté par les virus Influenza de l’homme et de la volaille, en plus des virus spécifiques aux porcs. Les cochons peuvent ainsi servir « d’incubateur » aux virus grippaux et permettre l’apparition de nouveaux sous-types par échange de fragments d’ARN entre virus qui n’étaient pas en contact jusqu’alors.

La description du fonctionnement des épidémies de grippe, bien que fascinante, est hors du cadre de cet article.

2. Situation au deuxième trimestre 2021.

Points clés :

–          Au minimum la moitié des prélèvements sous surveillance par le RESAVIP sont H1avN2 (nouveau sous-type).

–          Les sous-types H1huN2 et H1avN1(grippe « classique ») sont en forte baisse. Peu de changement pour le H1N1pdm.

Proportions des principaux lignages de virus grippal identifiés par Resavip de 2012 à 2020 (rappel : nouveau sous-type H1avN2 en rouge)

 Source : Bulletin d’information nationale trimestriel n°35, RESAVIP ; disponible sur https://www.plateforme-esa.fr

Pour information, au moment de l’écriture de cet article, le nouveau variant a été identifié formellement dans 6 élevages suivi par le cabinet, sur un secteur vaste.

3. Quel impact sur l’élevage ?

Points clés :

–          Inefficacité totale au pire, efficace dans un cas sur 5 au mieux, des vaccins classiques contre ce nouveau sous-type (en fonctions des sources).

–          Grande variabilité des signes cliniques en élevage en fonction du sanitaire déjà présent : de problèmes de reproduction stricts à toux et fièvre en engraissement ou sur les truies.

Pour en savoir plus :

L’expérience des vétérinaires du cabinet avec ce nouveau variant semble pointer vers une préférence pour des problèmes de reproduction avec truies vides, retours décyclés (mortalité embryonnaire) et avortements.

L’expérience des vétérinaires allemands qui subissent également ce sous-type va dans le même sens, avec une prédominance des problèmes de reproduction (communication personnelle, laboratoire CEVA).

Néanmoins, ce sous-type est également capable de provoquer des épisodes grippaux plus « classiques » avec toux et fièvre des animaux quelque soit l’âge.

Il a été retrouvé dans des cas de grippe récurrente (grippe installé durablement dans un élevage) et d’épisodes passagers.

Pour l’instant il n’y a pas de vaccination possible, les malades doivent être traités avec des AINS (anti-inflammatoires non stéroïdiens) lorsque des symptômes fiévreux apparaissent.

Les cas doivent être gérés au cas par cas, tant la variabilité des symptômes et des modes de contamination entre élevage est grande.

4. Comment aider la surveillance ?

Points clés :

–          La surveillance des virus grippaux est importante pour comprendre pourquoi il y a résurgence de symptômes associés à la grippe et anticiper les épidémies.

–          Il faut signaler au vétérinaire des porcs qui toussent et ont de la fièvre ou toute hyperthermie supérieure à 40°C, cela peut être de la grippe.

–          Les écouvillons nasaux sont un bon moyen de trouver et d’identifier le virus, mais ils doivent être faits sur animaux malades depuis moins de 3 jours.